Az angol nyelvterületen a XX. század második felétől meghatározó analitikus filozófiai hagyomány Magyarországon az 1990-es évektől kezdett jelentőssé válni. Ekkor indult az Analitikus filozófia doktori program, amelynek számos résztvevő oktatója, témavezetője az analitikus filozófia nemzetközileg is elismert képviselője; többségük rendszeresen oktat angol nyelvű kurzusokat.  Filozófia MA-val (vagy ekvivalens végzettséggel) rendelkező magyar és külföldi hallgatók jelentkezhetnek a magyarul és angolul egyaránt folytatható doktori tanulmányokra. A következő diszciplínák alkotják az Analitikus filozófia program gerincét: nyelvfilozófia, metafizika, elmefilozófia, a pszichológia filozófiája, episztemológia; etika, metaetika, erkölcsfilozófia; az analitikus filozófia története; a feminista filozófia analitikus megközelítései; analitikus művészetfilozófia és esztétika; analitikus politikai filozófia. A Filozófia Doktori Iskola több programjával, elsősorban a Logika és tudományfilozófia doktori programmal együttműködésben lefedett további területek: filozófiai logika; a matematika filozófiája és matematikai logika; tudományfilozófia. 

A program 1995-ben indult, s a görög-római antikvitás és az ókori kelet filozófiatörténetének témakörében vesz fel évente két-három doktoranduszt. Megindítására és akkreditálására abból a megfontolásból került sor, hogy az antik filozófiatörténet tanulmányozása a Kar legrégibb hagyományai közé tartozik. A program azt a szigorúan szöveg közeli műközpontú értelmezést igyekszik követni, melynek kezdeményezője a Karon folyó filozófia-oktatásban Simon Endre volt. A program oktatói igyekeznek kiaknázni azt a hagyományt, amely szerint az ókori szövegek eleve kommentárokkal olvasandók. A hallgatók közvetlenül szembesülhetnek azzal a ténnyel, hogy a kommentált szöveg olvasása és értelmezése újabb kommentárok megalkotásához és bizonyos régebbi kommentárok elvetéséhez vezet, hogy tehát az antik filozófiától elválaszthatatlan a klasszikus filozofémák recepciójának története. Ennek felismerésével sajátítják el azt a képességet, hogy egyszerre fogalmazzanak meg új értelmezéseket, s bontsák le az örökölt hipotéziseket. A program másik alapelve, hogy a szövegértelmezés fogásainak elsajátításától elválaszthatatlan az antik nyelvekben való elmélyülés.

A Bence György által alapított, később Ludassy Mária, a Széchenyi-, Bibó- és Lukács díjjal kitüntetett tudós, majd jelenleg Olay Csaba által vezetett program 1993 ősze óta működik, s a következő három célt tűzi maga elé: a modern normatív elméletek és az ezekre vonatkozó kurrens interpretációk, viták ismertetése; az európai és észak-amerikai politikai filozófia történetének teljes körű áttekintése; a modern politikai filozófiában használatos elemzési és érvelési technikák elsajátítása. A programban részt vevő hallgatók átfogó műveltséget szereznek a politikai filozófiában; alaposan megismernek egy szűkebb szakterületet, és színvonalas kutatómunkával bizonyítják, hogy képesek az elsajátított tudás kreatív használatára. A program különösen fontos szerepet játszott és játszik a határon túli magyar filozófusok és politológusok doktori képzésében. 

A program 1993-tól része a doktori képzésnek. Alapítója Tengelyi László DSc, egyetemi tanár, aki az Intézet korábbi professzoraként (egyben 2001-ig az Újkori és Jelenkori Filozófia Tanszék vezetőjeként), majd haláláig a wuppertali egyetem tanáraként jelentős szerepet játszott a nemzetközi fenomenológiai mozgalomban. A program fontosságát az adja, hogy a fenomenológia nem egyszerűen a XX. századi filozófiai iskolák egyike, hanem az ún. kontinentális filozófiai irányzatok közös kiindulópontja. A kortárs filozófiában és a XX. század egészének gondolkodásában meghatározó szerepet játszik és számos társadalomtudományi és humántudományi iskola számára is termékenynek bizonyult a fenomenológiával való érintkezés. A Fenomenológia Program elindítására és akkreditálására az adta az okot, hogy a fenomenológia mint filozófiai irányzat az egész kortárs szellemtudományban meghatározó módon jelen van. A fenomenológiai programra támaszkodva jött létre a Magyar Filozófiai Társaság Fenomenológiai, majd pedig Vallásfilozófiai Szekciója. Jórészt a program hallgatóinak köszönhetően, és természetesen az oktatók támogatásával, jött létre 2005 őszén a Magyar Fenomenológiai Egyesületet, amely azóta a magyar filozófiai közélet egyik meghatározó szerepelője lett. Szintén a doktoranduszok kezdeményezésére született meg a fenomenológiai irányultságú Aspecto c. folyóirat. Film-, média- és kultúraelmélet program A program a jelenkori kultúra kutatásának vezető központja az ELTE Bölcsészkarán. A programnak otthont adó Művészetelméleti és Médiakutatási Intézet oktatói a hazai film- és médiatudomány jeles képviselői, akik a tudományos kutatás mellett gyakorlati szakmai tevékenységet is folytatnak. A program tudományos hátterét egyszerre képezik az olyan hagyományosabb diszciplínák, mint a film- vagy televízió-történet, a műfajelméletek vagy a nyilvánosságtörténet csakúgy, mint a kortárs kultúratudományok vagy a vizualitás új elméletei. A program számára fontos a kultúra jelentésképzési folyamatainak társadalmi beágyazottsága és a tudást létrehozó és újratermelő technológiák politikuma. Fontosnak tartja a jelenkori kultúra vizsgálata során a diszciplínák közötti átjárást. A bölcsészkari hagyományoknak megfelelően nagy figyelmet szentel a film és a média textuális, illetve esztétikai aspektusainak, mely megközelítéseket természetes módon kapcsolja össze az analóg és digitális tartalmak előállításával, technológiáival és szabályozásával kapcsolatos kutatásokkal. A befogadás-esztétika klasszikus aspektusai mellett fontosnak tartja a kortárs kultúra használatának, illetve fogyasztásának vizsgálatát. A Doktori Program partneri, illetve szakmai kapcsolatban áll a legjelesebb hazai tudományos és szakmai műhelyekkel, továbbá hosszú távú együttműködéseket tervez neves külföldi egyetemekkel. Az oktatók és a doktoranduszok intenzív közös műhelymunkáját tekinti az oktatási-kutatási tevékenység kulcselemének.

A program a doktori képzés 1993-as akkreditációja óta működik Fehér M. István akadémikus vezetésével, s a fenomenológiai programhoz hasonlóan úttörő szerepet játszott Magyarországon a kortárs filozófiai gondolkodáshoz való felzárkózásban. Megindítására annak a megfontolásnak az alapján került sor, hogy a hermeneutika a kortárs filozófiai kultúra egyik meghatározó irányzata. A kortárs filozófiai klímában a hermeneutika igen fontos szerepet játszik, hiszen a humán tudományok benső összefüggéseinek integratív szemléletmódjához alapvetően járul hozzá. Emellett általános filozófiai jelentőségét az adja, hogy a filozófia szövegekben kristályosodik ki: legyen bár szó ontológiáról, ismeretelméletről, etikáról, vagy a filozófiatörténet bármelyik korszakáról: mindenütt szövegekkel van dolgunk, melyek értelmezést, elsajátítást, kapcsolódást követelnek - ám a cáfolat vagy kritika is csak a szövegek előzetes megértésének fényében termékeny. A hermeneutika a filozófián belül és kívül - többek között az esztétika, a szociológia, a jogelmélet, a politológia, a tudományfilozófia, a kommunikációelmélet, a pszichiátria területén és számos egyéb érintkező szakterületen - komoly és tartós hatást gyakorol. A hermeneutikának a (természet-) tudományok számára adódó jelentősége abban áll, hogy a hermeneutikai gondolkodás tudatosítja, reflektálja azt az életössze- függést, amelybe maguk a tudományok is beágyazódnak, mint a mindenkori emberi tevékenység adott társadalmi-közösségi formái. A program három fő aspektus köré szerveződik. Először: a hermeneutika történeti szempontból való áttekintését tűzi ki célul, mindenekelőtt a XIX-XX. századi fejlemények fényében, a romantikából kiindulva a német szellemtörténeti hagyományon és a fenomenológián keresztül Heideggerig, Gadamerig és a mai francia törekvésekig. Másodszor: szisztematikus szempontból tárgyalja a hermeneutika gondolatkörnek a különböző filozófiai és szaktudományos diszciplínák számára való relevanciáját: hermeneutika és teológia, hermeneutika és etika, hermeneutika és esztétika, hermeneutika és irodalomelmélet, hermeneutika és tudásszociológia, hermeneutika és fenomenológia, hermeneutika és nyelvfilozófia, hermeneutika és a humántudományok kapcsolatát. A harmadik terület a hermeneutika jelenkori önreflexiója.

A program a nemzetközi jelentőségű logika-tudós, Ruzsa Imre logikai iskolájából nőtt ki, s az 1993 és 2000 között működő logikai "B" program munkáját folytatja. Ennek előzménye volt az 1991-től Sorostámogatással megindult Logika Posztgraduális Program (Logic Graduate School, LGS), melyet az Intézet (Szimbolikus) Logika Tanszéke az MTA Matematikai Kutatóintézet Algebrai Logika Osztályával együtt tartott fenn. Az LGS, majd 1997-ig a Logika "B" program vezetője Madarász Tiborné volt. Az LGS arra az interdiszciplináris koncepcióra épült, hogy a filozófia felől érkező doktoranduszok közös képzésben részesüljenek azokkal, akik a matematikából érkeznek, és többnyire oda is szándékoznak visszatérni. A logika számára a matematikához és a filozófiához való kötődés egyaránt fontos; csakis egy ilyen program biztosíthatja a résztvevők számára, hogy akár matematikusként, akár filozófusként művelik a logikát, kellő rálátásuk legyen a másik oldalra is. A programnak az 1993-as akkreditáció óta inkább a filozófiai doktori képzés sajátosságaihoz kellett alkalmazkodnia. Ennek ellenére sikerült - részint a Logika Tanszék oktatóinak (köztük kiemelten Ruzsa Imre professor emeritusnak), részint a matematikai logikusok hozzájárulásának köszönhetően - az oktatás interdiszciplinaritását és folyamatosságát biztosítani. Az LGS, majd a Logika program mind a logika matematikai alapjaiban, mind filozófiai összefüggéseiben a nemzetközi színvonalnak tartalmilag mindenben megfelelő oktatási programot tudott és tud nyújtani. A programban a munka centrumát a heti rendszerességgel működő logikai és matematikafilozófiai szeminárium jelenti. Ennek állandó résztvevői az MTA Rényi Alfréd Matematikai Kutatóintézetének, a Filozófiai Intézet Elméleti Nyelvészet Tanszékének, illetve az ELTE TTK matematikai és fizikai tanszékeinek munkatársai, oktatói, doktoranduszai és hallgatói. A program kurzusain más programok és iskolák doktoranduszai, főleg analitikus filozófusok, ókori filozófiatörténészek és elméleti nyelvészek vesznek részt.

Az 1999-ben Boros Gábor egyetemi tanár vezetésével megalakult  Újkori Filozófia Program intézményes bázisául az Újkori és Jelenkori Filozófia Tanszék, illetve azok az újkori filozófiával foglalkozó kutatócsoportok szolgálnak, amelyek a Tanszékhez kapcsolódva már 1997 óta folyamatosan működtek. A program koncepcionális alapját a filozofálás eredendően történeti jellegéről való meggyőződés alkotja, amely szerint "szisztematikus" filozófiai kérdésekre adott termékeny filozófiai válaszok végső soron a valóságos történeti filozófiákkal párbeszédben születhetnek csak meg. A program ezért nyitott minden kortárs filozófiai irányzat számára. Ezt a végzett doktoranduszok jelenlegi orientációja is bizonyítja, akik ugyanabból a történeti korszakból, Descartes filozófiájából kiindulva részint az analitikus filozófia, részint a fenomenológia irányában tájékozódnak. Az újkori filozófiai programban találnak otthonra azok a doktoranduszok is, akik olyan irányzatok fogalmi eszközeit igyekeznek kutatásaik során felhasználni, melyek nem tartoznak egyik nagy kortárs "szisztematikus" doktori programhoz sem. A program tematikusan a következő kérdéscsoportokat öleli fel: az újkori filozófia értelmezésének fő típusai; a XVII. század filozófiai gondolkodása; a felvilágosodás; Kant és a német idealizmus; a filozófia története Hegeltől Nietzschéig; a tudományos filozófia programjának különböző változatai.